Mapa do cerco do Castelo Hara
As forças do xogunato pediram ajuda aos neerlandeses, que primeiro deram pólvora e canhões.Nicolaes Couckebacker, opperhoofd da feitoria pertercente aos Países Baixos em Hirado, providenciou a pólvora e canhões, e quando as forças do xogunato solicitaram que ele enviasse um navio, ele pessoalmente acompanhou o navio de Ryp para uma posição próxima ao Castelo Hara. Os canhões enviados anteriormente foram montados em uma bateria em um barco de guerra, começando o ataque, tanto dos canhões da costa e também dos 20 canhões do de Ryp. Estas armas dispararam cerca de 426 projéteis em 15 dias, sem grande resultado, e dois vigias holandeses foram baleados pelos rebeldes.
E, em vez de forçar a rendição dos camponeses, a artilharia pesada parece ter dado matéria-prima para os rebeldes: arqueólogos encontraram 16 cruzes de metal no castelo, provavelmente feitas a partir da fundição dos projéteis.
O navio foi retirado a pedido dos japoneses, em seguida receberam as mensagens de desprezo enviadas pelos rebeldes para as tropas sitiantes:
"Não existem soldados mais corajosos no reino para combater conosco, e não estão envergonhados de terem chamado ajuda de estrangeiros contra o nosso pequeno contingente?"
Queda dos rebeldes
Em uma tentativa de tomar o castelo, Itakura Shigemasa foi morto. Logo chegaram mais tropas do xogunato sob o comando de Matsudaira Nobutsuna para substituir Itakura. Em abril de 1638, havia mais de 27 mil rebeldes enfrentando cerca de 125 000 soldados do xogunato. Um mês depois, um grupo de camponeses tentou um ataque noturno às tropas do governo, sendo que, 380 rebeldes morreram e alguns sobreviventes capturados revelaram que não havia mais comida ou pólvora dentro do castelo.
Em 12 de abril de 1638, as tropas sob o comando do clã Kuroda do Domínio de Hizen invadiram a fortaleza e capturaram as defesas externas. Os cristãos lutaram desesperadamente. Além de espadas e lanças, utilizaram pedras, pedaços de madeira, utensílios de cozinha ou qualquer coisa que pudesse ser empunhada como arma ou atirada do canhão que eles possuíam.
Forças presentes em Shimabara
Estátua do vice-comandante do exército do xogunato, Toda Ujikane.
A Rebelião de Shimabara foi o maior esforço militar desde o Cerco de Osaka onde o xogunato tinha de dirigir um exército aliado formado por tropas de vários domínios. O primeiro comandante geral, Itakura Shigemasa, tinha 800 homens sob seu comando direto; seu substituto, Matsudaira Nobutsuna, tinha 1 500. O vice-comandante Toda Ujikane tinha 2 500 de suas próprias tropas. 2 500 samurais do Domínio de Shimabara também estavam presentes. Boa parte do exército do xogunato foi formado a partir de domínios vizinhos de Shimabara. A maior parcela, totalizando mais de 35 000 homens, veio do Domínio de Saga, e estava sob comando de Nabeshima Katsushige. Em segundo lugar em números estava a força dos domínios de Kumamoto e Fukuoka; 23 500 homens sob o comando de Hosokawa Tadatoshi e Kuroda Tadayuki respectivamente. Do Domínio de Kurume foram 8 300 homens subordinados a Arima Toyouji; do Domínio de Yamanaga 5 500 homens sob as ordens de Tachibana Muneshige; do Domínio de Karatsu, 7 570 homens estavam aos comandos de Terasawa Katataka; de Nobeoka, 3 300 estavam sob as ordens de Arima Naozumi; do Domínio de Kokura, 6 000 estavam sob as ordens de Ogasawara Tadazane e seu braço direito, Takada Matabei; provenientes do Domínio de Nakatsu, 2 500 homens estavam sob as ordens de Ogasawara Nagatsugu; de Bungo-Takada, 1 500 eram comandados por Matsudaira Shigenao, do Domínio de Kagoshima, 1 000 homens estavam as ordens de Yamada Arinaga. As únicas forças que não eram de Kyushu, além dos comandantes militares pessoais, foram 5 600 homens do domínio de Fukuyama, sob o comando do Mizuno Katsunari,[20] Katsutoshi, e Katsusada. Houve também um pequeno número de tropas de vários outros locais na quantidade de 800 homens. No total, o exército do xogunato foi composto por mais de 125 800 homens. Por outro lado, a quantidade de pessoas que compuseram as forças rebeldes não é precisamente conhecida. Estima-se que eram mais de 14 000 combatentes e que o número de não-combatentes abrigados no castelo durante o cerco eram mais de 13 000. Uma fonte estima que o tamanho total da força rebelde era algo entre 27 000 e 37 000, uma fração, se comparada ao tamanho das forças enviada pelo xogunato.
Epílogo
Depois que o castelo caiu, as forças do xogunato decapitaram cerca de 37 000 rebeldes e simpatizantes. A cabeça decepada de Amakusa Shiro foi levado para Nagasaki para exibição pública, e todo o complexo do Castelo Hara foi totalmente queimado e enterrado junto com os corpos de todos os mortos.
Cristãos e estrangeiros passaram a ser os maiores inimigos do governo Tokugawa. Por exemplo, em Nagasaki, padres eram mortos em público e queimados vivos. Aproximadamente 80% dos cristãos da cidade foram executados e os outros foram presos ou escravizados. Prêmios em dinheiro eram oferecidos aos que denunciassem os religiosos clandestinos.
O xogunato suspeitou que católicos ocidentais tinham sido envolvidos na divulgação da rebelião e comerciantes portugueses foram expulsos do país. A política de isolamento nacional tornou-se mais rigorosa em 1639. Uma proibição já existente da religião cristã foi, então, aplicada rigorosamente, e o cristianismo no Japão sobreviveu apenas por meio dos Kakure Kirishitan.
Outra das ações que depois foi tomada pelo xogunato foi o perdão das contribuições de construção aos domínios que haviam apoiado militarmente. Matsukura Katsuie cometeu suicídio, e seu domínio foi dado a outro senhor, Koriki Tadafusa.[16] O clã de Terazawa sobreviveu, mas desapareceu quase 10 anos depois, devido à falta de um Katataka como sucessor.
Na península de Shimabara, a maioria das cidades experimentaram uma grave perda de população, como resultado da rebelião. A fim de manter os campos de arroz e outras culturas, migrantes foram trazidos de outras áreas em todo o Japão para reassentar a terra. Todos os habitantes foram registrados em templos locais, cujos sacerdotes eram obrigados a atestar a filiação religiosa de seus membros.
Com a exceção de alguns levantes locais, a Rebelião de Shimabara foi o último confronto armado em larga escala no Japão até 1860.
Até hoje, em datas festivas, as perseguições aos cristãos são lembradas. Na semana do Festival Okunchi, celebrado entre os dias 7 e 9 de outubro em Nagasaki, os moradores da cidade abrem a porta de suas casas e exibem seus pertences no jardim. Trata-se de um antigo costume do século 17, quando eles eram obrigados a mostrar tudo o que possuíam para provar que não eram católicos.